Как убрать сообщения «Теперь вы общаетесь и в Messenger»?

Никак.

К сожалению, Facebook по состоянию на весну 2018 года не даёт пользователям возможности отключить эти надоедливые сообщения, возникающие, когда кто-то из друзей установил приложение Messenger на смартфоне.